27 février 1940 - 1er décembre 1942
Nommé le 30 décembre 1939 le gouverneur de 3ème classe Aubert prend ses fonctions le 27 février 1940. Né le 8 mars 1888 à Arras, chef-lieu du Pas-de-Calais, Pierre Emile Aubert est licencié en droit et breveté de l'Ecole Coloniale. Il se distingue durant la première guerre mondiale, il est même blessé. A la fin de la guerre, il obtient le grade de capitaine et il est fait chevalier d'honneur a titre militaire.
Dans une interview à un journal local il déclare avoir servi un peu partout : A.O.F., Cameroun, Indochine... Interrogé sur le secret du commandement, il répond "aimer sa patrie et son métier, aimer d'un amour lucide avec une fermeté qui sait faire sourire ceux qu'on est appelé à gouverner".
Le nom du gouverneur P. Aubert est sans doute lié au ralliement de la Réunion au gouvernement du Maréchal Pétain en juin 1940 et à l'installation du régime de Vichy dans la colonie.
En effet au mois de juin 1940, la nouvelle arrive dans l'île : la France a capitulé devant l'Allemagne hitlérienne. Le Maréchal Pétain a signé l'armistice, Paul Reynaud a démissionné et le Maréchal Pétain a constitué un gouvernement provisoire, installé à Bordeaux. A la quasi-unanimité, les Réunionnais se prononcent pour la continuation de la lutte.
Le 18 juin le gouverneur envoi au gouvernement de Bordeaux le télégramme Suivant : "Un groupe de notabilités a exprimé désir ardent que Maréchal Pétain soit informé du vœu suivant : Bloc Angleterre Etats-Unis, France... doit conduire victoire même après abandon par gouvernement sol métropolitain. Notre peuple, nos possessions sont indemnes. Défaite militaire après glorieuse défense n'est pas effondrement de l'Empire".
Ce même jour, le général De Gaulle lance, depuis Londres où il s'est réfugié, un appel où il engage les français à se ranger aux cotés de l'Angleterre alliée pour poursuivre le combat.
Le fameux appel de Londres aurait été capté par les Réunionnais grâce à Radio Maurice. Mais entre le 18 juin et le 29 juin 1940 - date à laquelle la Réunion, par l'intermédiaire de son gouverneur, reconnaît la légitimité du gouvernement Pétain - la situation va bien évoluer. Dés le 21 juin, le gouverneur Aubert sort une circulaire où il pose le problème de la légitimité du gouvernement Pétain.
Le 22 juin, se tient une séance de la commission facultative de la défense. Le 23 juin, le consul de la Grande-Bretagne à la Réunion - Maurice Gaud - remet au gouvernement Aubert l'offre de Lord Halifax, ministre des affaires étrangères de l'Angleterre. Elle engage le chef de la colonie et la colonie à se rallier à la Grande Bretagne, laquelle s'engage à subvenir aux besoins des fonctionnaires réunionnais, tant civils que militaires. P. Aubert, s'est-il senti atteint dans son honneur d'administrateur ? Il est vrai que Lord Halifax s'est montré assez maladroit dans sa proposition. Si certains ont admis cette hypothèse, d'autres ont mis en avant les mauvaises relations qui existaient entre le gouverneur de la Réunion et celui de l'île sœur, Sir Bede Clifford.
Aubert craignait-il des représailles allemandes à l'encontre de la Réunion, partie intégrante de l'Empire Français ? c'est une possibilité. De nombreuses personnes vont tenter d'influer sur le choix du gouverneur. Des personnalités telles Léon de Lepervenche, conseiller communiste du Port, Choppy, juge de paix. Malgré les prises de position en faveur du Général de Gaulle, P. Aubert réagît mal à la proposition anglaise. Il demande, par télégramme, aux mairies et gendarmeries de l'île de faire cesser les pétitions et les déclarations des personnalités sans mandat. Il envoie même une circulaire en ce sens aux Services Administratifs de la colonie.
Le 24 juin, un message de Rivière, Ministre des Colonies du gouvernement Pétain met P. Aubert en garde contre "les manœuvres tendancieuses". Le gouverneur de la Réunion avait voulu se renseigner auprès du Ministre, du sort de la flotte de guerre dans la convention d'Armistice. Rivière demande à Aubert également de "ne prendre" aucune initiative dans le domaine de politique extérieure sans en avoir référé aux Autorités gouvernantes nationales. Quand bien même, souligne-t-il les communications viendraient à être interrompues.
Dés lors, le chef de la colonie prend des positions de sûreté. Il établit une liste des personnes à surveiller, s'assure de la surveillance des locaux publics, notamment il veille à faire changer les serrures du Palais du Gouvernement.
Les 24 et 25 juin, le gouverneur s'adresse à la population. Son discours radiodiffusé enjoint les Réunionnais à garder le calme et les rassure sur l'existence des stocks suffisants selon lui.
Le 29 juin 1940, c'est le jour décisif. Le gouverneur réunit la Commission consultative de la défense, élargie pour la circonstance. Il pose la question suivante "le gouvernement de la Réunion doit-il sortir de la légalité pour se mettre au mépris du Pouvoir Central, à la disposition du Gouvernement Britannique ?" ; la réunion est houleuse. Aubert anglophobe pèse de tout poids sur la décision.
La rupture avec la Grande Bretagne, et, par conséquent avec Maurice, est nette. La prise de la "Ville de Magenta" par la Royal Navy n'arrange pas les choses. Parmi les membres de l'équipage prisonniers se trouvent des Réunionnais. La presse locale anglophobe se déchaîne.
De plus le culte de la personnalité s'installe. Le Maréchal a droit à tous les honneurs. La Place du Barachois a été rebaptisée "l'Esplanade du Maréchal Pétain".
Malgré des tentatives de renforcement des défenses de l'île, Aubert sait que l'île ne pourra résister à une action anglaise. Pour éviter la répétition des événements de 1810, il va décider de transférer le gouvernement local à Hellbourg à l'intérieur des terres.
Malgré un baroud d'honneur et l'influence de "son âme damnée" Pillet, Aubert sera contraint de remettre sa démission à l'envoyé spécial du Général de Gaulle le 1er décembre 1942.